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如果您的苹果手机短信删除了，但仍然显示有数字，这可能是以下几种情况导致的。
1、未完全删除：可能您并没有完全删除短信，只是删除了部分对话或某些特定的短信，请仔细检查是否有未删除的短信或对话。
2、通知提示：有时即使短信被删除，通知中心的通知提示可能仍然存在一段时间，您可以尝试关闭通知中心的通知提示，或者等待一段时间看看数字是否会消失。
3、软件问题：在某些情况下，可能是由于软件问题导致短信计数不准确，您可以尝试重启设备或更新操作系统，看看问题是否得到解决。
4、短信应用缓存问题：有时候短信应用的缓存可能会导致显示错误，您可以尝试清除短信应用的缓存来解决这个问题。
如果以上方法都不能解决问题，建议您联系苹果官方客服寻求帮助，他们可能会提供更具体的解决方案。